Анатомикум, в котором работали многие известные врачи и ученые XIX века, был спроектирован Й.В. Краузе в 1805 году на месте бастиона К. Густава шведских времен, на южном склоне Тоомемяги. В 1825-1828 годах по проекту Краузе к зданию, изначально построенному в виде классицистической ротонды, добавили флигели в форме полудуг. Анатомикум приобрел нынешний вид после завершения последней большой пристройки в 1856-1860 годах. Здание получило свое нынешнее название - Старый анатомикум - в 1888 году в связи с постройкой нового анатомикума. Медицинские коллекции врачебного факультета ТУ можно посетить в Научном центре AHHAA.