Тартуский аэропорт находится в 11 км от центра города и имет прямое ежедневное авиасообщение с финским городом Хельсинки. Удобные полеты Тарту-Хельсинки-Тарту, осуществляемые фирмой «Finnair», длятся 50 минут, билет можно купить на сайте «Finnair». В Тартуском аэропорту продажи авиабилетов нет. С графиком полетов можно ознакомиться на сайтах Тартуского аэропорта и «Finnair».
В Тарту можно путешествовать и через международные аэропорты Таллинна и Риги, из которых дальше в Тарту легко добраться на заказном или междугороднем автобусе. Шаттлы ездят по предварительному заказу из удобного для пассажира места в Тарту до Таллиннского аэропорта и назад, стоимость проезда 20 €. Информацию об автобусных линиях см. в рубрике Автобусом.
Между Тартуским аэропортом и городом курсирует бесплатный автобус-экспресс, который рано утром отвозит пассажиров в аэропорт и поздно вечером привозит прилетевших в Тарту в центр города. Пункт отправления и прибытия автобуса – возле Центра Аннелинна/Annelinna Keskus (Kalda tee 43). Автобус движется утром по маршруту: Annelinna keskus (3.50) – торговый центр Eeden (3.52) – Atlantis (3.56) – Kaubamaja (3.57 и 3.58) – Kaare (4.01) – Karete (4.07) – Аэропорт/Lennujaam (4.20).
Кроме того, пассажиров обслуживают такси. Остановка такси находится прямо перед зданием аэропорта. Удобно заказывать такси и платить за поездку, используя специальные мобильные приложения (необходимо наличие мобильной связи), а те, кто хотят добраться в город быстрее всех, могут заказать такси уже в полете, передав заказ стюардессе. Информацию о такси см. подробнее в рубрике На такси.