Река Эмайыги соединяет озера Выртсъярв и Чудское и является единственной судоходной рекой Эстонии на всем своем протяжении. Эмайыги была хорошо известна уже в средние века как торговый путь между западом и ганзейскими городами Псков и Новгород. Река и сегодня – важный символ Тарту. Для Эмайыги характерны заболоченные берега, делавшие на протяжении веков трудными и строительство мостов, и переправу. В границах города имеется пять автомобильных и два пешеходных моста через реку, несколько причалов (в том числе гостевой причал перед зданием «Атлантис») и пять речных портов, из которых пассажирам открыт порт Карлова.
За судоходное движение по реке отвечает Департамент водных путей, который также сделит за тем, чтобы были своевременно ликвидированы все возможные опасности и препятствия на воде, проведены необходимые регулярные работы, и обновлены навигационные знаки. Активно идет также работа по точной картографии водных путей. В сотрудничестве открытого и коммерческого секторов и при поддержке европейских фондов на реке Эмайыги сооружено несколько мест для развития портов и мостов: объединения владельцев малых судов развивают порты, в центре Тарту пострены новые причалы, и в ходе этих работ также проведено углубление русла реки. Порты для малых судов построены в Кавасту, Мякса, Ляэнисте. Наиболее активно используемый порт со слипом на Эмаыйги находится в природном центре Кантси Центра государственных лесов Суурсоо, являющемся одновременно и одним из важнейших портов южной части Чудского озера. В истоке Эмайыги, в Ранну-Йыэсуу, находится лодочный причал Гостевого центра Выртсъярве, подходящий и для причала лодок, и для спуска их на воду. Причаливать можно также на острове Пийрисаар на Чудском озере и острове Тондисаар на озере Выртсъярв. Перед выходом в Чудское озеро следует известить об этом местный пограничный кордон.
Основную часть судоходного движения на реке составляют прогулочные поездки, рейсы летней регулярной линии на остров Пийрисаар и движение частных плавсредств. Прогулочные поездки устраивают разные предприятия, предлагающие прогулки по реке на современных моторных судах, средневековой ладье «Jõmmu» и корабле викингов «Turm», а также разнообразные водные походы на каноэ. Ладья прекрасно подходит также для проведения на ней семинаров и совещаний.
В августе движение по реке особенно плотное, так как в это время здесь проходит посвященный Эмайыги речной фестиваль. В рамках фестивальных мероприятий водное движение может быть временно ограничено – советуем следить за навигационными знаками или уточнить информацию в отделе культуры горуправы. Информацию о водном движении предоставляет Департамент водных путей.