Тартуский железнодорожный вокзал находится в историческом здании в 1,5 км от центра города, ежедневное железнодорожное сообщение у Тарту с Таллинном (через станции Йыгева, Тапа, Аэгвийду), с Валгой (через Эльва) и Койдула (через Пылва и Пиуза). С пересадкой в Тапа или Аэгвийду можно добраться в Тарту из Нарвы и Йыхви, а через Валга и Валка – из Риги.
Быстрые современные дизельные поезда просторны, дружелюбны к детям и велосипедистам, имеют допольнительные удобства и предлагают пассажирам поездки на выбор в двух ценовых классах. Пассажирам первого класса предлагаются дополнительно регулируемые сиденья, однако важно помнить, что различные льготы и возможности бесплатного проезда в вагонах первого класса в полном объеме не действуют. Возможность бесплатного проезда есть лишь у одного имеющего на это право пассажира, если он едет вместе с не имеющим льгот пассажиром первого класса, и билет был забронирован предварительно. Вагоны второго класса просторны и вместительны, однако в них нельзя забронировать себе конкретное место. Заполненность поездов пассажирами самая высокая вечером в пятницу и воскресенье. Билеты можно купить в интернете, прямо в поезде или в пунктах продажи на Балтийском вокзале Таллинна. Дополнительная информация на сайте www.elron.ee.
От железнодорожного вокзала в центр Тарту можно добраться на автобусах №3 и №25 и на такси, однако, поскольку центр совсем близко, советуем, если позволяет погода, совершить небольшую, полезную для здоровья прогулку пешком и познакомиться с находящимися на пути достопримечательностями города.