Заповедник Пейпсивеэре, ранее носивший название Эмайыэ-Суурсоо, находится под охраной государства с 198 года. Ценностью этого заповедника являются разнообразие влажных мест обитания и болотная система в дельте реки.Площадь болотной системы составляет около 25000 га, из них 7000 га – заливные. Эта территория входит в число птичьих и природных заповедников Natura 2000 и является пятой по площади болотной системой Эстонии, а также крупнейшей в Эстонии системой болот в дельте реки. На учебной тропе с дощатым настилом Эмайыэ протяженностью 3 км, которая начинается у здания корчмы Kantsi, ставить палатки и разводить костер можно только в подготовленных для этого и обозначенных местах. Эта местность идеально подходит для наблюдения за птицами и ловли рыбы.