Emajegi savstarpēji savieno Vertsjerves un Peipusa ezerus, un tā ir vienīgā upe, kura visā garumā ir piemērota laivošanai. Viduslaikos upe tika izmantota kā ērts tirdzniecības ceļš, savienojot rietumos esošās Hanzas savienības pilsētas ar Pleskavu un Novgorodu. Šodien Emajegi ir viens no Tartu pilsētas nozīmīgākajiem simboliem. Upei ir raksturīgi purvaini krasti, kas gadsimtu garumā krietni apgrūtinājuši gan tiltu izbūvi, gan nokļūšanu pretējā krastā. Tartu pilsētas robežās Emajegi upi šķērso pieci autosatiksmes un divi gājēju tilti, darbojas vairākas piestātnes (tostarp publiskā piestātne pie restorāna “Atlantis”) un piecas laivu ostas, no kurām apmeklētājiem pieejama Karlovas osta.
Ūdensceļus pārvalda Ūdensceļu dienests, kas cita starpā seko, lai ceļi tiktu atbrīvoti no dažāda veida riskiem un šķēršļiem, lai regulāri tiktu veikti bagarēšanas darbi un lai tiktu atjaunotas navigācijas zīmes. Papildus tam aktīvi tiek veikta ūdensceļu kartēšana. Publiskā un privātā sektora sadarbības rezultātā un pateicoties Eiropas Savienības fondu atbalstam, Emajegi ūdensceļā ir izveidotas vairākas ostas-pietauvošanās vietas: kuģinieku savienības regulāri attīsta savas ostas, Tartu pilsētas centrā izveidotas jaunas publiskās pietauvošanās vietas, turklāt šo darbu gaitā ir padziļināta arī upes gultne. Mazo kuģu ostas izbūvētas Kavastu, Meksā, Lēnistē u.c. Visvairāk lietojamā Emajegi osta ar eliņu atrodas Igaunijas Valsts mežu Sūrso dabas centrā Kantsi, kas vienlaikus ir arī viena no nozīmīgākajām ostām Peipusa ezera dienvidu daļā. Vietā, kur aizsākas Emajegi, Rannu-Jeesū, atrodas Vertsjerves ezera laivu piestātne, kas piemērota gan kā laivu nolaišanas vieta, gan kā piestātne. Pietauvoties iespējams arī Peipusa ezerā esošā Pīrisāres salā un Vertsjerves ezerā esošā Tondisāres salā. Pirms došanās uz Peipusu noteikti jāinformē vietējais robežsardzes kordons.
Tartu ūdensceļi galvenokārt tiek izmantoti izklaides braucieniem, vasaras regulārajai satiksmei uz Pīrisāres salu, kā arī privātiem braucieniem. Izklaides braucienus organizē vairāki uzņēmumi, tajos var doties gan ar mūsdienīgām motorlaivām, gan ar vēsturisko liellaivu “Jõmmu” un vikingu laivu “Turm”, tāpat tiek organizēti braucieni ar kanoe. Liellaiva lieliski piemērota arī semināru un sanāksmju rīkošanai. Augustā satiksme upē ir jo īpaši intensīva, jo norisinās Emajegi festivāls. Lielāko pasākumu ietvaros, kas saistīti ar upi, pārvietošanās pa upi var būt ierobežota – iesakām sekot navigācijas zīmēm vai par satiksmes ierobežojumiem jautāt Tartu pilsētas pašvaldības kultūras nodaļā.
