Johanneksen kirkko on keskiaikainen tiilikirkko, joka on tunnettu terrakottahahmoistaan ja pyhitetty Johannes Kastajalle. Nykyisen rakennuksen vanhimmat osat ovat 1300-luvulta. Kirkko on ollut raunioina useita kertoja historiansa aikana. Vuonna 1999 kirkko sai uuden tornin ja kaksi uutta pronssista kelloa, joiden nimet ovat Pietari ja Pauli. Noin 30 m korkea kellotorni, jonne vie 135 askelmaa ja kapeimman kohdan halkaisija on 47 cm, tarjoaa upean näkymän koko Tarton kaupunkiin. Lintuperspektiivistä voi nähdä vanhankaupungin, Toomemäen, Supilinnan, Emajoen ja tietysti kauniita kattoja. Kesällä kirkon tornissa järjestetään konsertteja.