Ympäristöystävällisin ja edullisin tapa Tarton lähiseudun tutkimiseen on pyöräily. Kuten kaupungissa, myös Tarton lähiseudulla ja Etelä-Virossa on rakennettu viime vuosina uusia kevyen liikenteen väyliä ja muita pyöräreittejä, joilla on turvallista ja mukavaa kulkea. Pyöräilyn harrastajia ilahduttavat monipuoliset maisemat, aidonnäköiset pikkupaikkakunnat sekä koskemattoman luonnon kiehtova kauneus erilaisissa suojelukohteissa.
Tunnetuimmista pyöräilyreiteistä kulkee Tarton kautta monta EuroVelon reittiä sekä Etelä-Viron ja Pohjois-Latvian yhdistävä polkupyöräreitti Tour de LatEst (tourdelatest.vidzeme.com). Yksi pisimmistä täkäläisistä pyöräreiteistä kiemurtelee 140 km Võrtsjärven ympäri. Pyöräilijöillä ja patikoijilla on myös hyvä mahdollisuus nauttia luonnosta Ilmatsalussa (8 km reitti) ja Elvan maisemansuojelualueella Vitipalussa (23,5 km), Vellaveressa (8 km ja 13 km) sekä Vapramäellä (6,5 km). Polkupyöriä voi vuokrata kaupungissa ja maakunnassa sijaitsevista vuokrauspisteistä.