Emajoki yhdistää Võrtsjärven ja Peipsijärven ja on Viron ainoa koko pituudeltaan veneelle kulkukelpoinen joki. Keskiajalla merkittävänä kauppareittinä tunnettu joki yhdisti läntiset hansakaupungit Pihkovaan ja Novgorodiin ja on nykyään yksi Tarton merkittävimmistä symboleista. Emajoen rannat ovat melko soisia, joten siltojen rakentaminen ja joen ylittäminen on ollut aina hankalaa. Tarton kaupungin alueella Emajoella on viisi siltaa ajoneuvoille ja kaksi jalankulkijoille, useita laitureita (mm. vieraslaituri entisen Atlantis-yökerhon edessä) sekä viisi venesatamaa, joista vieraille avoinna on Karlovan satama.
Laivareittejä hallinnoi Viron merenkulkulaitos eli Transpordiamet, joka mm. seuraa, että kaikki mahdolliset vaaratekijät ja esteet on poistettu vesireiteiltä, vaadittavat säännölliset ruoppaukset suoritettu ja navigointimerkit uusittu. Myös vesireittien tarkka kartoitus on jatkuvasti työn alla. Julkisen ja yksityisen sektorin yhteistyössä sekä EU-rahastojen tuella Emajoen vesireiteille on rakennettu monta satamaa ja laituria; pienalusten yhdistykset kehittävät omia satamia, Tarton keskustaan on rakennettu uusia laitureita vierasaluksia varten ja näiden töiden puitteissa ruopataan myös joenpohjaa. Pienalussatamia on rakennettu Kavastuun, Mäksaan, Läänisteen ja muualle. Emajoen eniten käytetty veneen vesillelaskupaikka on RMK Suursoon luontokeskus Kantsissa, joka on samalla myös yksi Peipsijärven eteläosan merkittävimmistä satamista. Emajoen lähteillä Rannu-Jõesuussa sijaitseva Võrtsjärven vierailukeskuksen venelaituri on sopiva paikka veneiden vesille laskemiseensekä rantautumiseen. Myös Peipsijärven Piirissaareen ja Võrtsjärven Tondisaareen voi rantautua. Ennen Peipsijärvelle lähtemistä aiotusta venematkasta on ilmoitettava paikalliselle rajavartiostolle.
Suurimman osan Tarton laivaliikenteestä muodostavat huviretket, kesäinen reittiliikenne Piirissaareen ja yksityisomistajien veneajelut. Huviretkiä järjestävät useat eri yritykset ja alukseksi voi valita modernin moottorialuksen, historiallisen Jõmmu-lotjan tai Turm-viikinkilaivan, lisäksi järjestetään erilaisia kanoottiretkiä. Lotja sopii myös seminaarien tai neuvottelujen järjestämiseen. Liikenne joella on erityisen vilkasta elokuussa, jolloin järjestetään Emajõgi-festivaali. Suurempien jokeen liittyvien tapahtumien aikana liikenne joella on rajoitettua – silloin kannattaa seurata navigointimerkkejä tai hankkia lisätietoa rajoituksista Tarton kaupunginhallituksen kulttuuriosastolta. Tietoa vesireiteistä ja niiden kartoittamisesta antaa Viron merenkulkulaitos eli Transpordiamet.
