Tarton lentokenttä sijaitsee 11 km päässä keskustasta ja sinne pääsee suoralla lennolla säännöllisesti Helsingistä. Finnairin operoimat mukavat lennot Tartto-Helsinki-Tartto kestävät 50 minuuttia ja lippuja voi hankkia Finnairin kotisivulta. Tarton lentoasemalla ei myydä lippuja! Lentojen aikatauluihin voi tutustua Finnairin ja Tarton lentokentän kotisivuilla. Tarttoon pääsee myös Tallinnan ja Riikan kansainvälisten lentoasemien kautta, jatkaen matkaa Tarttoon tilausajolla tai reittiliikenteen bussilla. Airport Shuttle -bussit liikennöivät tilauksesta matkustajalle sopivina aikoina Tartosta Tallinnan lentoasemalle ja toiseen suuntaan, lipun hinta on 20 €. Lisätietoa bussiliikenteestä löytyy otsikon Bussilla alta.
Tarton lentoasemalta kaupunkiin ja kaupungista asemalle pääsee helpoiten taksilla. Taksipysäkki on lentoaseman päärakennuksen edessä. Taksin tilaaminen ja kyydistä maksaminen onnistuu kätevästi erilaisilla mobiilisovelluksilla (edellyttää matkapuhelinliittymän käyttömahdollisuutta), mutta jos haluaa vielä nopeamman ratkaisun, taksin voi tilata jo lentokoneessa ilmoittamalla siitä lentoemännälle. Lue lisää taksipalveluista otsikon Taksilla alta.