Tarton rautatieasema sijaitsee historiallisessa asemarakennuksessa 1,5 km päässä keskustasta ja sieltä kulkee päivittäin junia Tallinnaan (pysäkit mm. Jõgevalla, Tapalla ja Aegviidussa), Valgaan (pysähtyy mm. Elvassa) ja Koidulan (pysäkit mm. Põlva ja Piusa) suuntaan. Vaihtamalla junaa Tapalla tai Aegviidussa Tarttoon voi matkustaa Narvasta ja Jõhvista sekä Valgan ja Valkan kautta Riikasta.
Nopeat ja modernit dieseljunat ovat tilavia, lapsi- ja pyöräilijäystävällisiä, niissä on monenlaisia lisämukavuuksia ja matkustaja voi valita mieleisensä istumapaikan eri luokkien tiloista. Ykkösluokan matkustajien käytössä ovat tavanomaisten mukavuuksien lisäksi tilavat ja säädettävät istuimet, mutta on tärkeätä muistaa, että kaikki alennukset ja laissa säädetty vapaalipulla matkustamisen oikeus eivät ole kokonaan voimassa ykkösluokassa. Oikeus ilmaiseen matkustamiseen on vain yhdellä ilmaiseen matkustamiseen oikeutetulla henkilöllä, jos hän matkustaa 1.sluokan maksavan matkustajan kanssa ja lippu on varattu ennakkoon. Myös 2.luokan vaunut ovat tilavia, mutta sieltä ei voi varata numeroitua paikkaa. Matkustajia on yleensä eniten perjantai- ja sunnuntai-iltaisin. Lippuja voi ostaa internetistä, junasta ja Tallinnassa rautatieaseman (Balti Jaam) lipunmyyntipalvelusta. Lisätietoja saa osoitteesta www.elron.ee.
Rautatieasemalta pääsee keskustaan bussilla nro 20 ja taksilla, mutta koska keskustaan ei ole pitkä matka, kauniilla säällä kannattaa kävellä jolloin voi tutustua myös reitin varrella oleviin nähtävyyksiin. Suosittelemme myös vuokrata Tarton "fiksut pyörät" ja tutustua kaupunkiin pyöräverkoston pyörillä.