Emajõgi ühendab omavahel Võrtsjärve ja Peipsit ning on Eesti ainus kogu pikkuses laevatatav jõgi. Keskajal olulise kaubateena tuntud jõgi ühendas läänepoolsed hansalinnad Pihkva ja Novgorodiga ning on tänapäeval Tartu linna üheks olulisemaks sümboliks. Emajõele on iseloomulikud soised kaldad, mis on sajandite vältel teinud raskeks nii sildade ehitamise kui ka jõe ületamise. Tartu linna piires on Emajõel viis auto- ja kaks jalakäijate silda, mitmeid kaisid (sh külaliskai Atlantise ees) ja viis paadisadamat, millest külalistele on avatud Karlova Sadam.
Laevateid haldab Transpordiamet, kes muuhulgas jälgib, et kõikvõimalikud ohud ja takistused oleksid veeteedelt eemaldatud, vajalikud regulaarsed süvendustööd teostatud ja navigatsioonimärgistused uuendatud. Agaralt tegeldakse ka veeteede täpse kaardistamisega. Avaliku ja erasektori koostöös ning Euroopa Liidu fondide toel on Emajõe veeteel arendatud mitut sadamat-sildumiskohta: väikelaevnike ühingud arendavad omi sadamaid, Tartu kesklinnas on rajatud uusi kaisid külalisalustele ja nende tööde käigus süvendatud ka jõesängi. Väikelaevade sadamaid on ehitatud Kavastus, Mäksal, Läänistes jm. Emajõe enim kasutatav slipiga sadamakoht asub RMK Suursoo looduskeskuses Kantsis, mis ühtlasi on üks Peipsi lõunaosa olulisimaid sadamakohti. Emajõe lähtes Rannu-Jõesuus on Võrtsjärve külastuskeskuse paadisild sobilik nii paatide vettelaskmiseks kui ka randumiseks. Võimalik on randuda ka Peipsis asuval Piirissaarel ja Võrtsjärves asuval Tondisaarel. Enne Peipsile minekut tuleb kindlasti teavitada kohalikku piirivalvekordonit.
Põhilise osa Tartu laevaliiklusest moodustavad huvireisid, suvine regulaarliin Piirissaarele ning eraomanike sõidud. Huvisõite korraldavad mitmed ettevõtted ning sõita saab nii kaasaegsete mootorlaevade, ajaloolise lodja Jõmmu kui ka viikinglaevaga Turm, samuti korraldatakse erinevaid kanuumatku. Lodi sobib suurepäraselt seminaride ja nõupidamiste korraldamiseks. Augustis on liiklus jõel eriti tihe, sest toimub Emajõele pühendatud festival.
Suuremate jõega seotud üritustel võib liiklemine jõel olla piiratud – tasub jälgida navigatsioonimärgistusi või uurida piirangute kohta Tartu Linnavalitsuse kultuuriosakonnast. Infot veeteede ja nende kaardistamise kohta väljastab Transpordiamet. Vaata kõiki veeseiklusega seotud tegevusi SIIT.
