Der Emajõgi verbindet den See Võrtsjärv und den Peipussee miteinander und ist der einzige Fluss in Estland, der in voller Länge schiffbar ist. Der im Mittelalter als bedeutender Handelsweg bekannte Fluss verband die Hansestädte im Westen mit Pleskau und Nowgorod und ist heute eines der wichtigsten Symbole der Stadt Tartu. Charakteristisch für den Emajõgi sind seine sumpfigen Ufer, die es über Jahrhunderte erschwert haben Brücken zu bauen und den Fluss zu überqueren. Im Stadtgebiet spannen sich fünf Auto- und zwei Fußgängerbrücken über den Emajõgi, am Fluss gibt es mehrere Kais (u.a. ein Besucherkai vor dem Atlantis-Haus) und vier Bootshäfen, von denen der Karlova-Hafen auch für Besucher offen steht.
Die Schiffswege werden von der estnischen Wasserwirtschaftsbehörde verwaltet, die u.a. darauf achtet, dass sämtliche Gefahren und Hindernisse von den Schiffswegen entfernt, die notwendigen regelmäßigen Vertiefungsarbeiten erledigt und die Navigationsschilder erneuert sind. Aktiv werden die Wasserstraßen auch genau vermessen und kartiert. In Zusammenarbeit mit dem öffentlichen und dem privaten Sektor und mit der Unterstützung durch Fonds der Europäischen Union werden an der Wasserstraße des Emajõgi mehrere Häfen und Anlegestellen entwickelt: Vereine von Kleinschiffern entwickeln ihre Häfen weiter, in der Tartuer Innenstadt sind neue Anlegestellen für Besucherboote gebaut worden und im Zuge dieser Arbeiten wurde auch das Flussbett vertieft. Häfen für Kleinschiffe wurden in Kavastu, Mäksa, Lääniste usw. gebaut. Der meistgenutzte Hafen am Emajõgi mit einer Aufschleppe liegt in Kantsi, im RMK Suursoo Naturzentrum, der gleichzeitig auch einer der wichtigsten Häfen am südlichen Teil des Peipussees ist. An der Bootsbrücke beim Besucherzentrum am See Võrtsjärv in Rannu-Jõesuu am Ausgangspunkt des Emajõgi können Boote sowohl anlegen als auch zu Wasser gelassen werden. Anlegen kann man auch auf der Insel Piirisaar im Peipussee und auf der Insel Tondisaar im See Võrtsjärv. Bevor man auf den Peipussee fährt, muss man unbedingt den örtlichen Grenzschutz informieren.
Den Großteil des Schiffsverkehrs in Tartu bilden Vergnügungsfahrten, die reguläre Verbindung zur Insel Piirisaar im Sommer und Fahrten von privaten Bootsbesitzern. Vergnügungsfahrten veranstalten mehrere Unternehmen und man kann sowohl mit modernen Motorschiffen, mit dem historischen Schleppkahn Jõmmu als auch mit dem Wikingerschiff Turm fahren, ebenfalls werden verschiedene Kanuwanderungen angeboten. Der Schleppkahn eignet sich hervorragend für Seminare und Besprechungen. Im August ist der Schiffsverkehr auf dem Fluss besonders dicht, denn dann findet das Fluss-Festival statt. Bei größeren Veranstaltungen auf oder am Fluss kann der Schiffsverkehr eingeschränkt sein - beachten Sie also die Navigationshinweise oder erkundigen Sie sich bei der Kulturabteilung der Stadtverwaltung Tartu nach Einschränkungen. Informationen zu den Wasserstraßen und deren Kartierung gibt die Wasserwirtschaftsbehörde heraus.